Első évadjában a csapat a II/A csoportban a stabil középmezőny tagja volt, a 12 csapatos bajnokságban a 7. helyen végzett 27 ponttal, 70-78-as gólkülönbséggel.

A 2009/2010-es szezonban ismét a II/A csoportban indult, a gárda hivatalos neve ekkor Junior FC Plastronic volt. A szezon során végig az alsóházban tanyázott az együttes, 23 pontot gyűjtött 67-82-es gólkülönbség mellett, amely a 8. helyre volt elegendő.

A 2010/2011-es évadban a csapat neve ismét módosult, Fehérvár Junior FC-re, azóta ez nem változott. A II/A osztályban ősszel a 4. helyen fordult az alakulat, majd tavasszal rögtön bekezdett egy 2-6-os vereséggel az egyik nagy riválissal szemben. Ezután azonban minden mérkőzését megnyerte, így már az utolsó forduló előtt eldőlt, bajnok lett a Fehérvár Junior FC 51 ponttal, 97-51-es gólkülönbséggel.

Mivel a feljutás jogával nem élt a csapat, így a 2011/2012-es bajnokságot is a II. osztályban kezdhette meg, ezúttal a B csoportba sorsolták. A jelentősen átalakult keret nem tudta megismételni az előző évi menetelést, és a 7. helyen fejezte be a sorozatot 15 ponttal, 47-58-as gólkülönbséggel. A szezon krónikájához hozzá tartozik, hogy három csapat is visszalépett az idény során, így a kiesés réme nem fenyegetett senkit.

Jelenleg a II/A csoportban úgy tűnik, egy sikeresebb évadnak néz elébe az újfent megújult keretű gárda, hiszen pillanatnyilag a második helyen áll a táblázaton, és szorosan ott van az éllovas Kisfalud nyomában.